Налоговые льготы носят персональный характер (например, льготы для собственников жилья) и изложены в статье 11 Закона о земельном налоге.

Налоговые освобождения основаны на земле (например, заповедник) и изложены в статье 4 Закона о земельном налоге.

Налогоплательщик, не получивший налогового уведомления к 25 февраля года налогообложения, обязан известить об этом Налогово-таможенный департамент в течение 30 дней.

Если налогоплательщик не получал ни одного налогового уведомления, считая от вступления в силу Закона о земельном налоге, он обязан письменно или по электронным каналам сообщить в волостную или городскую управу по месту нахождения земли о размере и целевом назначении находящейся в его собственности или пользовании земли.

Налогово-таможенный департамент выдаёт налогоплательщику налоговое уведомление о сумме подлежащего уплате земельного налога не позднее, чем к 15 февраля. Земельный налог не назначается, и налоговое уведомление не выдаётся, если сумма налога менее 5 евро.

Земельный налог до 100 евро с находящейся в любой единице местного самоуправления земли платится к 31 марта. От земельного налога, превышающего 100 евро, платится к 31 марта не менее половины, но не менее, чем 64 евро. Оставшаяся часть земельного налога платится не позднее, чем к 1 октября.

Местное самоуправление властного органа устанавливает ставки налога для следующих категорий земель не позднее 1 июля года, предшествующего году налогообложения:
1) для земель под жилую застройку и земель под дворовые участки, предназначенные для сельскохозяйственного использования  0,1–1,0%  от налоговой стоимости земли в год;
2) для земель, не упомянутых выше и предназначенных для сельскохозяйственного использования 0,1–0,5% от налоговой стоимости земли в год;

Земельный налог платит собственник земли или, в предусмотренных в статье 10 Закона о земельном налоге случаях, пользователь земли.

Земельный налог является налогом, основанным на оценочной стоимости земли. Оценочная стоимость земли определяется и порядок ее оспаривания устанавливается на основе Закона о оценке земли. Оценочная стоимость земли, определенная при каждой регулярной оценке, принимается во внимание при расчете земельного налога, начиная с 1 января года, следующего за годом проведения регулярной оценки. Налоговая и таможенная служба рассчитывает земельный налог на основе исходных данных, предоставленных местным органом самоуправления через информационную систему по земельному налогу.

Подоходным налогом не облагаются компенсации расходов, связанных со служебной, рабочей или должностной командировкой, выплаченные работодателем (или третьим лицом от его имени) чиновнику, работнику или члену органа управления или контроля юридического лица.

Также не облагаются налогом:

Резидент-физическое лицо имеет право вычесть из дохода в период налогообложения уплаченные в период налогообложения за себя и родственника по нисходящей линии в возрасте до 26 лет, сестру или брата расходы на обучение или, при отсутствии вышеназванных расходов на обучение, расходы на обучение одного постоянного жителя Эстонии в возрасте до 26 лет.