Заверять апостилем нельзя следующие документы:

• выданный дипломатическим или консульским представителем,
• непосредственно связанный с торговой или таможенной процедурой административный документ,
• испорченный документ (истёршийся, помятый, исправленный, испорченный водой, отклеившаяся обложка и т. п.)
• оригинальный документ, в котором отсутствуют имя и фамилия, а также наименование должности подписавшего.

Собственник документа может ходатайствовать перед выдавшим документ учреждением о выдаче нового документа или подтвердить обстоятельства заверенной распечаткой из регистра народонаселения.

Заверке апостилем не подлежит публичный документ, который желают использовать в государстве, с которым Эстония заключила договор о юридической помощи (Россия, Украина, Польша, Латвия и Литва).

Заверять апостилем нельзя публичный документ, который желают использовать в государстве, не присоединившемся к Гаагской конвенции. В таком случае документ нужно легализовать.

Начиная с 19 сентября 2013 года эстонский публичный документ не требует дополнительной заверки апостилем во Франции, Бельгии, Дании, Италии и Ирландии. Также в Эстонии признаются выданные в этих государствах документы без дополнительных формальностей. Названное действует также для выданных ранее публичных документов.

Также в Эстонии без формальностей признаются документы, выданные дипломатическими представителями и чиновниками консульств Австрии, Кипра, Чехии, Франции, Германии, Греции, Ирландии, Италии, Лихтенштейна, Люксембурга, Молдовы, Голландии, Норвегии, Польши, Португалии, Испании, Швеции, Швейцарии, Турции, Великобритании.

Многоязычные выписки из актов о заключении брака, рождении и смерти из Германии, Австрии, Бельгии, Испании, Франции, Голландии, Италии, Люксембурга, Португалии, Швейцарии, Турции, Словении, Хорватии, Македонии, Боснии, Сербии, Польши, Черногория и Молдовы признаются в Эстонии без формальностей.

В соответствии с отменой требования легализации документов регистра народонаселения Эстонской Республики и Финской Республики, не требуется заверять апостилем выписки данных гражданского состояния. Такими выдаваемыми на английском языке выписками являются выписки из свидетельства о рождении, свидетельства о смерти, свидетельства о заключении брака, свидетельства о расторжении брака, справки о возможности вступления в брак, справки об изменении имени и выписки из регистра народонаселения.